Программирование под linux/windows

Я хочу компилировать проект под Linux, который будет на одном встроеном устройстве использоваться. В vs2019 я пишу код и через ssh соединяюсь c build сервером. Компилят со всеми libs я переношу на устройство. Проблема в том что, для сервера я использую совсем другие настройки для linker и когда я пытаюсь запустить программу, то она не может найти библиотеки, потому что ищет по адресам для сервера