Если скачать винду 11 с помощью исо файлы удалятся или нет?

Я уже открыл исо и как я понял надо открыть сетап, но дело именно в сохранении файлов

Этот iso нужно на флешку записать, а не открывать setup

Вопрос неясен

Нужно не открыть а полноценно распаковать. При установке уже выбирать, сохранять или не сохранять. Лучший способ - сохранить ценное на другом диске / разделе / в облаке и установить систему заново.
Содержимое образа можно перенести на загрузочную флешку или записать на DV9 диск по соответствующей процедуре по созданию загрузочных носителей. Самый оптимальный вариант установки с флешки как наиболее быстрый, или с DVD, как самый надёжный. Для создания флешки наиболее простым способом является применение программ Windows7-USB-DVD-tool или Rufus на компьютерах с дисковой структурой MBR. Для компьютеров с UEFI и GPT дисками подходит программа Rufus с выбором соответствующих параметров (UEFI) и форматированием флешки в FAT32. Как вариант рекомендую включить стандартный интерфейс BIOS или загружаться в режиме совместимости с BIOS (Legacy), а GPT диск преобразовать в MBR. Имейте ввиду, что флешки для установки системы на MBR и GPT диски создаются с разными параметрами и не совместимы друг с другом. Так же отличаются способы загрузки с флешки, на MBR диск загружаться нужно только в режиме совместимости (Legacy) или CSM, а на GPT диск только из-под UEFI интерфейса. Работоспособность гарантируется только при установке на "чистую", то есть При установке из-под начальной загрузки компьютера на чистый, отформатированный раздел (диск) с загрузочного установочного носителя.
"Простая" переустановка - это запуск CD/DVD диска с Windows при уже загруженной операционной системе. Такая установка не является чистой, так как старая версия операционной системы, которая, как правило, заражена вирусами, управляет запуском установки новой версии Windows и сама не может себя удалить. Вирусы остаются, а новая версия устанавливается на старую. Это конечно самый удобный и простой метод установки, но и самый не надёжный, потому что ошибки и вирусы старой системы могут просто перенестись на новую и результат будет плачевным. К тому же не каждая сборка ОС Windows поддерживает данный метод. Как правило сборщики систем настоятельно рекомендуют не устанавливать систему таким способом во избежание некорректной установки.

Если устанавливать виндовс через флешку, то установщик должен предложить выбрать диск установки и вы сможете либо выбрать другой диск, либо отформатировать основной(так файлы удалятся). Через setup никогда не устанавливала, если работает так же как и с флешки, то у вас будет выбор.
Если через обновление до новой версии файлы должны сохранится