При переключении с одной Windows на другую меняются местами диски С и D

Тот, который был C на одной, становится D на другой, при этом при установке второй винды не припомню, чтобы я устанавливал ее отдельно.

Логично. Что вас не устраивает?
С и Д это разметка винды, внутри файловой системы такого деления нету, где стоит винда, там и С. Две винды, два С.

Это нормально. Вы на каждом диске устанавливали ОС на диск С:
Какая ОС загрузилась, та и отображает свой диск с системой как С

Так и должно быть, а чтобы не сбивать с понтолыги у диска с другой системой нужно удалять букву чтобы никто туда не лазил. А все программы ставить на третий диск настроив так чтобы в каждой системе он был под такой же буквой например Е